Nawet gdy użytkownik Windows wyłączy automatyczne aktualizacje, niektóre pliki na jego komputerze są i tak modyfikowane przez Windows Update (WU) - takie informacje pojawiły się na forach dyskusyjnych i zostały potwierdzone. Microsoft tłumaczy, że to konieczne dla skutecznego działania WU i przeprasza za brak przejrzystości.